世界审计组织由世界审计组织大会、理事会、秘书处、地区组织、委员会等机构组成。

    世界审计组织大会是该组织的最高权力机构，由所有成员组成，每三年召开一次，在各大洲轮流举办。

    世界审计组织理事会由18名成员组成，经各地区组织推荐，由大会选举产生，向全体成员负责，每年召开一次会议，理事会主席经竞选产生，是世界审计组织最高级别代表和主要发言人。

    世界审计组织秘书处常设在奥地利审计院，由奥地利审计院院长担任秘书长。

    世界审计组织下属机构还包括在四大战略目标（责任制和职业准则、机构能力建设、知识共享和知识服务、国际组织典范）下常设的委员会、工作组和特别工作组。7个地区性组织设有大会、理事会、秘书处以及工作组等机构，负责开展本地区的审计交流与合作。