亚洲审计组织由亚洲审计组织大会、理事会、秘书处、审计委员会和环境审计委员会等机构组成。

    亚洲审计组织大会由所有成员国最高审计机关组成，每三年召开一届，采取简单多数决议制。每届大会期间召开一次主题研讨会。

    理事会是亚洲审计组织的政策执行机构，每年开会一次，由12名成员组成，理事会主席由本届大会主办国的最高审计机关首长担任。

    秘书长由大会选举产生，秘书处设在秘书长所在国最高审计机关。

    审计委员会由大会选举产生的、理事会成员以外的2名成员组成，每隔三年负责对组织的账目进行审计。

    环境审计委员会是目前亚洲审计组织唯一的常设工作组，一直由中国审计署担任主席，其秘书处也设在中国审计署。此外，在理事会中专门指定一位成员任培训主管，负责培训事务。